Çfarë është PCR-ja?

Në vitet e fundit nuk flitet tjetër përvecse për kitet diagnostikuese për COVID-19. Mes polemikave mbi sasinë e tyre dhe kategoritë që duhet ti nënshtrohen këtij testimi, është e rëndësishme të kuptojmë ku konsistojnë metdodat diagnostikuese të koronavirusit. Mes tyre përmendet shpesh PCR (Reagimi i zinxhirit polimeraze- angl: Polymerase Chain Reaction) por për çfarë bëhet fjalë?

Keni dëgjuar të thuhet se “metoda e PCR-së është më e plotë dhe e besueshme”. Shkalla e lartë e besueshmërisë dhe numri i vogël i rasteve falseve e kanë shtyrë OBSh-në ta këshillojë si metodë kryesore të diagnostikimit të koronavirusit. Le të shohim në detaje se si funksionon ajo.

DIAGNOZA E KORONAVIRUSIT: SEKUENCA E “ARMIKUT”

Koronavirusi, patogjeni i COVID-19 është një agjent viral i përbërë nga një fije e vetme ARN (pra është klasifikuar si ARN monozinxhir me polaritet pozitiv/ ADN dhe ARN janë “gjurmët digjitale” më të besueshme të një organizmi.
Sekuenca e nukletotideve, njësia që ndërton acidet nukleike, tregojnë identitetin e poseduesit; e përbërë nga një zixhir informacioni, prania e koronavirusit në trupin njerëzor është e paqartë; nëse është e pranishme në kampionin biologjik, do të thotë që pacienti është i infektuar.

së pari, ka qenë e nevojshme të niset nga sekuenca e gjenomit viral. Kampioni i parë është gjenotizuar tashmë që në 11 janar. Sekuenca e shkronjave që mund të shihet i korrespondon rendit të nukleotideve të zinxhirit ARN të virusit. Çdo nukleotid përmban një bazë azotike, që korrespondon me shkronjën e përfaqësuar:

A: adeninë
G: guaninë
C: citozinë
U: në rastin e ARN-së, uracil
T: në rastin e ADN-së , timinë

Por në rastin e koronavirusit nuk ka asnjë U në gjenomën e tij dhe më poshtë do shpjegojmë përse.

SI E ZBULON PCR-JA?

Në momentin që ndahet sekuenca e virusit, hyn në lojë efikasiteti i PCR-së (Polymerase Chain Reaction). Kjo teknikë në të vërtetë daton që nga vitet ’80 me objektivin e amplifikimit të ADN-së së një kampioni.

Këtu qëndron kurthi i parë i koronavirusit: SARS-CoV-2 nuk ka ADN, por vetëm ARN. Kjo është arsyeja pse kërkohet një teknikë edhe më e sofistikuar dhe bëhetfjalë për RT-PCR, që shërben për të transformuar ARN e virusit në ADN. Për këtë reaksion është thelbësore enzima e quajtur “transkriptazë e kundërt”. Procesi është ky më poshtë:

Duke nisur nga kampioni i pacientit, enzima transkriptaze është në gjendje të identifikojë ARN-në virale.

Me nukleotidet e pranishme në përbërjen e reaksionit, enzima transkriptazë gjeneron një ADN plotësuese me atë të ARN-së të virusit. Mund të shohim këtë enzimë si inxhinier: me hartën e ARN së virusit dhe nukleotidet e disponueshme, krijohet një zinxhir i ri, në këtë rast ai i ADN-së.

Në këtë pikë ndërhyn enzima polimeraze dhe bëhet një PCR normale. Edhe enzima polimeraze është një “inxhinier” që shfrytëzon nukleotidet e disponueshme për të gjeneruar mijëra kopje të fijes së ADN-së së shndërruar. ADN e amplifikuar në fund i nënshtrohet teknikave të ndryshme për të përcaktuar nëse i korrespondon gjenotipit të koronavirusit apo jo.

NË ZBULIM TË IDENTITETIT TË VIRUSIT

Kur ADN amplifikohet, ekzistojnë teknika të ndryshme që japin mundësinë të përcaktojmë nëse i përket një virusi apo një organizmi tjetër. Një nga më të thjeshtat është elektroforeza në xhel agarozë. Përdorim këtë shembull të shpjeguar thjesht për ta kuptuar, por duhet të keni parasysh se puna bëhet nga njerëz të sofistikuar./ MeMjekun.com